۱۲ سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانه‌ای به نام کیوبی (روباهی با ۹ دم) به کونوها حمله می‌کند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.

ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم (بزرگسالان) کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او تنفر دارند. بنا به فرمان هوکاگهٔ سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حملهٔ کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت دیدگاه و رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطهٔ صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع و اقسام شیطنت و خرابکاری می‌زند.

در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسهٔ نینجاها است؛ اما با تلاش فراوان قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد... .